Территория Японии традиционно разделена на сорок семь префектур. Префектуры делятся на четыре категории: «то» (Токио), «до» (Хоккайдо), «фу» (Киото, Осака) и «кэн» (сорок три остальные префектуры). Различия между категориями префектур состоят в основном в форме управления.
Низшие территориальные единицы страны образуют сельские общины («мура»), поселки («мати») и города («си»). Столица Японии — город Токио — в административном отношении представляет собой двадцать три самостоятельных специальных района («токубэцу ку»), приравниваемых по статусу к городам «си».
Крупнейшие по численности населения города Японии (от одного до десяти миллионов жителей) — Токио, Осака, Иокогама, Киото, Нагоя, Кобе, Хиросима, Фукуока.