В конце 2024 года Маргарита Симоньян пережила тяжелый период в жизни, когда ее супруг, режиссер Тигран Кеосаян, попал в больницу и впал в кому. Врачи сообщили о серьезных нарушениях функций мозга, и надежды на его восстановление практически не было. Тем не менее, Симоньян оставалась рядом, надеясь на лучшее. К сожалению, 26 сентяря 2025 года Тигран скончался. Прощание с ним прошло в Армянской церкви в Москве, где собрались многочисленные коллеги и друзья. Симоньян была в глубоком шоке и в основном не помнит церемонии.
После похорон место захоронения долго оставалось в тайне, о чем она рассказала в программе Леры Кудрявцевой. В это время ей был поставлен диагноз рак, и она перенесла сложную операцию. Симоньян и Кеосаян заранее обговорили, где будут похоронены, решив, что их прах будет смешан и захоронен под пинией, которую посадили в своем саду. На данный момент, прах мужа хранится у нее дома. Она планирует создать стеклянный саркофаг для их праха. Несмотря на свои болезни, Симоньян продолжает заботиться о своих детях, принимая все возможные меры для их благополучия.