Жапондықтар әрқашан өздерінің көне заттарына қызығушылық танытқан. Мұны Жапонияда кем дегенде біздің эрамызға дейінгі 8 ғасырдан бастап пайда болған тарихи жазбалардың көптігі дәлелдей алады. Бұл қызығушылық коллекциялық заттар болып табылатын артефактілерге қатысты ертерек байқалды. Дегенмен, кез келген жүйелі зерттеу мен материалдық мәдениеттің көне ескерткіштерін жинау тек 17 ғасырдағы Токугава сегунаты кезеңінде ғана басталды.
Бұған дейін жапондық көне жәндіктер мамандары жазба деректердегі хабарларды талдауға көңіл бөлді немесе дәстүрлі түрде император мен дворяндардың сарайларын, сондай-ақ будда храмдарын қамтитын «тарихи археология» деп атайтын нәрсеге қызығушылық танытты. Сонымен, қорғандарды жүйелі түрде зерттеудің алғашқы әрекеттері осы уақыттан басталады: Мито княздігіндегі (қазіргі Ибараки префектурасы) ірі феодал Токугава Мицукуни 1692 жылы олардың біреуін қазып, өлшейді (содан кейін ол құрылымды қалпына келтірді). Токугава кезеңінде Фукусатодағы (Окаяма префектурасы) екі жүзге жуық қорған тәрізді қорымдардың тізімі жасалды және өлшемдер жасалды. Қорғандарға арналған ғылыми трактаттар да болды. Олардың авторлары Сайто Саданори, Яно Казусада, Гамо Кумпей; соңғысы олардың пішініне қарай қорғандардың эволюциясының типологиясын жасауға тырысты.
Камей Наммей 1784 жылы табылған алтын мөр Қытайдың «Хоухан-шу» шежіресінде айтылғандай, Қытай императорының жергілікті жапон билеушісіне берген инвестициясының белгісінен басқа ештеңе емес деп болжайды. Аояги Таненобу Чикузен провинциясында (қазіргі Фукуока префектурасы) жерлеуге арналған қыш ыдыстар мен қабір бұйымдарын зерттеді. Алайда археологиялық зерттеудің заманауи ғылыми әдістерін кәсіби түрде енгізу Мэйдзи реставрациясынан (Мэйдзи Исин) кейін ғана басталып, американдық биолог Э.Морзе, ағылшын У.Гоулэнд және т.б. сияқты ғалымдардың есімімен байланысты болды.Э. Морзе жапон археологиясының бастаушысы болып саналады.
1877 жылы Жапонияға ұлуларды зерттеу үшін келген ол Токио маңындағы Омориде бұрын Жаңа Англияда ашқанға ұқсас тарихқа дейінгі «қабық үйіндісін» тапты. Токио университетінде оқытушылық лауазымды алғаннан кейін Морзе оны қазып, студенттерімен бірге көптеген басқа жерлерді аралады. Морзенің кейбір шәкірттері ол кеткеннен кейін археологиялық зерттеулерін жалғастырды.
Осака теңге сарайымен өзінің қызметтік міндеттерімен байланысты Ұлыбритания азаматы У.Гоулэнд 1872-1888 жылдары Жапонияда болған кезінде Осака-Нара аймағындағы бірқатар қорғандарды зерттеген. Қорған кезеңін шын мәнінде ғылыми тұрғыдан зерттеудің басталуы қазір оның есімімен байланысты. Оның егжей-тегжейлі сипаттамалары мен сызбалары жапон археологиясының дамуына үлкен әсер етті. Жапониядағы заманауи археологиялық мектептің қалыптасуын 20 ғасырдың басына жатқызуға болады. 1896 жылы елде археологиялық қоғам ұйымдастырылды.
Археологияның алғашқы курсы 1909 жылы Киото университетінде өтті. Қазіргі заманғы археологиялық жұмыстар Жапонияда жоғары деңгейде жүргізілуде. Әлемнің түкпір-түкпірінен келген археологтардың қызғана қарайтындай, археологиялық зерттеулер жеткілікті көлемде қаржыландырылады, қазба жұмыстарының өзі және олжаларды талдау ғылыми-техникалық ойдың соңғы жетістіктерін пайдалана отырып жүргізіледі. Археология соңғы кездері жапон көне дәуірін зерттеуге ең елеулі үлес қосқанын мойындау керек. Оның үстіне, бұл тек таза археологиялық, сауатсыз кезеңдерге ғана емес (бұл тек табиғи болар еді), сонымен қатар тарихи уақытқа да қатысты.
Бәлкім, 7-8 ғасырларға жататын мокканның — ағаш тақтайшалардағы эпиграфияның табылуы ерекше жемісті болған шығар. 60-жылдардың аяғында Жапонияда 90 мыңға жуық археологиялық ескерткіштер тіркелді. 30 жылдан кейін олардың саны 300 мыңнан асты.
Жүргізіліп жатқан археологиялық зерттеулердің көлемі де таң қалдырады: жыл сайын 9-10 мың нысанда жұмыс жүргізіледі (салыстыру үшін, 1961 жылы – 408), жыл сайын археологиялық тақырыптарға арналған 3 мыңға жуық монография шығарылады. Табылған заттар санының мұндай қарқынды өсуі елдің индустриялық қарқынды дамуы Жапонияда заңмен бекітілген жаңа ғимараттардың орындарында қазба жұмыстарының қарқынды жүруімен түсіндіріледі. Рас, соған қарамастан, сарапшылар қазірдің өзінде ашылған 40 мың археологиялық нысанның 20-шы ғасырдың соңына қарай орны толмас жоғалатынымен келіседі. Жапониядағы қазба жұмыстарын университеттер де (5000-ға жуық кәсіби археологтар тіркелген), жергілікті билік органдары мен әуесқойлар жүргізеді.
Археологтардың жұмысы тек кәсіпқойлар арасында қызығушылық тудырмайды. Ол сондай-ақ үлкен қоғамдық резонансқа ие. Жаңа ашылған жаңалықтардың газеттердің бірінші беттерінде жариялануы және теледидардағы ең маңызды оқиғалар ретінде талқылануы әдеттегідей. Жапондықтардың жалпы өз тарихына деген құрметпен қарауымен қатар, бұл олардың этникалық өзін-өзі сәйкестендіруге тән қажеттілігімен де түсіндіріледі, онда бұқаралық сана қазіргі уақытта тарихи-археологиялық зерттеулерге басты рөлді береді (70-80 жж. , бұл рөлді этнографиялық зерттеу және бақылау шетелдіктер атқарды, жапон мәдениетінің, өмір салтын, ұлттық сипатының ерекшеліктеріне қатысты). Археологиялық зерттеулерге тікелей қатысы бар, қоғам назарын аударатын мәселелердің қатарында: жапондықтардың этногенезі (Джомон және Яйои кезеңдерімен байланысты антропологиялық зерттеулер); ежелгі Яматай мемлекетінің орнын анықтау және оның билеушісі Химиконың жерленген жерін қорған тәрізді қорымдардан іздеу; ерте жапон билеушілерінің сарайларының орналасуы мен орналасуы (оның ішінде Нара кезеңі); Нара кезеңіндегі жол инфрақұрылымын зерттеу.
Жапон археологтарының зерттеу қарқыны соншалықты жоғары, ол ғылыми мәселелерді шешуге көмектесіп қана қоймайды, сонымен қатар кейбір жаңа мәселелерді тудырады. Нәтижесінде Қиыр Шығыс елдеріне қатысты археологиялық материалдарды алу мен игеруде айтарлықтай аймақтық теңсіздік туындады. Мысалы, Жапонияның ерте тарихын барабар түсіну үшін Корей түбегіндегі археологтардың жұмысының нәтижелері ежелгі жапондықтардың (және прото-жапондықтардың) осы аймақпен өте тығыз байланысын ескере отырып, өте маңызды. Осыған байланысты Оңтүстік Корея мен КХДР-дағы археологиялық зерттеулердің айқын артта қалуы таза ғылыми мәселелерді ғана емес, сонымен бірге өткен туралы жаңа мифтердің тууына да толы.
Сонымен, жоғарыда аталған моккандарды жапондар корейлерден алған, бірақ қазіргі уақытта олардың жүзден сәл ғана астамы Корей түбегінде, ал Жапонияда 200 мыңға жуығы табылған.Осы фактіге сүйене отырып, мынадай қорытынды шығады. Жапонияда жазудың әлдеқайда кең таралуы. Дегенмен, Жапонияда археологиялық зерттеулер әлдеқайда кең көлемде жүргізілетінін есте ұстаған жөн, бұл табылған заттардың көп болуына себеп болуы мүмкін. Қалай болғанда да, археологиялық дереккөздер өзінің табиғаты бойынша, әдетте, олардың негізінде толық және бір мағыналы тарихи сурет салуға мүмкіндік бермейді. Қолда бар деректер, анық, толық емес және тұрақты және елеулі қайта қарауға жатады.
Тиісінше, олардың бұрыннан бар интерпретациялары да салыстырмалы болып табылады және кез келген уақытта жаңа тұжырымдарға байланысты да, жаңа көзқарастарға байланысты да қайта қаралуы мүмкін.